员工病假与年假的抵扣问题，存在以下法律风险：
1、无法享受带薪年假的经济损失风险。例如，某员工工作满3年，依法享有5天年假，企业若直接用其5天病假抵消年假，导致其当年无法休假。根据规定，未休年假员工应获得3倍工资补偿，企业此举会使员工丧失该部分收入，造成经济损失。
2、休息休假权受侵害的风险。比如，员工因病请了2天病假，企业却在其不知情的情况下，从应休年假中扣除2天。这既违反了年假与病假分离的规定，也剥夺了员工自主安排年假的权利，严重侵犯了其休息休假权。
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关于员工病假如何抵扣年假的计算问题，其法律依据主要源于《职工带薪年休假条例》。
《职工带薪年休假条例》第二条明确：“机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。”该条例确立了年休假是员工法定权利，企业有义务保障。而病假是员工因病休息的假期，与年假性质不同，法律并未规定病假可抵消年假。因此，企业若强制以病假抵消年假，违反了上述条例保障员工年假权利的规定，该行为不合法。
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员工休病假不应占用年假，这是处理病假与年假抵扣问题的基本原则。
若员工符合休年假条件，根据《职工带薪年休假条例》，年休假是员工的法定带薪休假权利，与病假属于不同休假制度，企业无权强制用年假抵消病假。
若企业主张病假天数达到不享受年休假的标准，需严格按法律规定判断：员工累计工作满1年不满10年，病假累计2个月以上；满10年不满20年，病假累计3个月以上；满20年以上，病假累计4个月以上的，才不享受当年年休假，而非直接用病假抵消已有的年假。
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在员工病假与年假的处理中，存在一些特殊或例外情形可能影响结果：
1、员工自愿用年假抵病假的情形。若员工因个人原因主动向企业提出用年假抵消病假，且意愿真实明确，该行为有效。此时病假抵消年假基于员工自愿，企业无需担责，但需保留员工自愿的书面证明（如签字申请单），以防后续争议。
2、企业有明确规定且员工同意的情形。若企业规章制度中明确规定，在特定条件下（如病假天数较少且员工同意）可用年假抵消病假，且该制度经民主程序制定、向员工公示并由员工签字确认同意，那么在符合规定条件时，该操作合法。但需注意，企业规定不得违反法律强制性规定，且员工同意必须真实有效。

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